ZUN, creador de Touhou, había tenido éxito con Amusement Makers, haciendo juegos para el PC-98. Sin embargo, al salir de la Universidad en 1999, ZUN dejó también a Amusement Makers, para empezar a trabajar en el mundo real, mientras planeaba el siguiente juego de Touhou. Tardo tres años, pero finalmente, en el 2002, ZUN, bajo el nombre del Doujin Circle "Team Shanghai Alice", saca el sexto juego de Touhou, haciendo la transición de PC-98 a Windows PC.

Touhou Koumakyou - Embodiment of Scarlet Devil sigue las aventuras de Reimu Hakurei, la misma sacerdotisa de siempre, ahora capaz de volar sin la tortuga Genjii, y Marisa Kirisame, la misma bruja traviesa, ahora metidas en otro lío. Cierto día, a lo largo de todo Gensokyo surge una neblina escarlata que bloquea el sol. Debido al peligro que puede causar la falta de luz solar, Reimu Hakurei, como la resuelve-problemas de Gensokyo, decide investigar. Por su lado, Marisa Kirisame está buscando a la persona que hizo la neblina, esperando que tenga cosas interesantes (Léase mágicas) que pueda robar tomar prestadas. Esa búsqueda las llevara a una misteriosa mansión con alteraciones del espacio tiempo donde vive una poderosa vampira.

Este juego introduce dos conceptos muy interesantes: Item Auto Collect, que te permite recolectar todos los objetos cuando estás al máximo de poder y subes a la parte superior de la pantalla; y Counter-Bomb System, que te permite salvarte de morir al ser impactado por una bala con sólo usar una bomba en la fracción de segundo que recibes el golpe. Estos sistemas se mantienen hasta la fecha.

Touhou Youyoumu - Perfect Cherry Blossom (2003), el séptimo juego de la serie, mantiene las bases de la fórmula de los juegos anteriores, introduciendo nuevos sistemas y personajes. Es Mayo en Gensokyo, y la primavera simplemente no llega; es más, el clima empeora cada vez más. Reimu, harta de tanto frío, decide buscar al culpable de que no llegue la primavera; Marisa ve caer, desde su casa, el pétalo de una flor de cerezo, lo que le hace preguntarse si la primavera no estará realmente en otro lado, por lo que decide salir a buscarla; Sakuya Izayoi, la sirvienta de Remillia Scarlet, la creadora de la niebla escarlata del incidente anterior, se da cuenta que se les están acabando las provisiones para el invierno y decide ir a resolver el problema ella misma.

El primer cambio obvio es la introducción de un nuevo personaje: Sakuya Izayoi, quien fue un enemigo del juego anterior. El segundo cambio es que al hacer "Focus" (La modalidad de ataque en donde el personaje se mueve más lento), se ve el "hit point" del personaje, lo cual le ayuda al jugador a esquivar más fácilmente los ataques de los enemigos. La otra innovación es la inclusión de un marcador en la parte inferior de la pantalla, que te indica la posición horizontal de los jefes.

El sistema central del juego es el sistema de "Cherry Points": Además de los puntos de poder y de marcador, los enemigos dejan puntos "Cherry", los cuales incrementan una barra en la parte inferior en la pantalla y que multiplica los puntos que puedes obtener, además de darte un escudo temporal cuando llegas a cierta cantidad de "Cherry". Al perder o usar bombas, baja la barra de "Cherry".

Touhou Eiyashou - Imperishable Night (2004) es el octavo juego de la serie. Es la noche del Festival de la Cosecha y la Luna en Gensokyo, y los Yokai han descubierto algo extraño con la Luna: Al parecer, alguien se ha robado la luna y ha dejado una luna falsa en su lugar, por lo que el festival no puede llevarse a cabo. Varias personas algo poderosas deciden detener el progreso de la noche y el tiempo, para ir a recuperar la luna antes de que termine el festival.

La primera gran diferencia entre este juego y el anterior es la cantidad de personajes: En total son 8, aunque claro, están agrupados en equipos de parejas, por lo que inicialmente sólo se puede escoger uno de cuatro equipos: El Equipo de las Fronteras (Reimu Hakurei y Yukari Yakumo, la jefa final del escenario Extra del Perfect Cherry Blossom), el Equipo Mágico (Marisa Kirisame y Alice Margatroid, jefe del tercer nivel de PCB), el Equipo Escarlata (Sakuya Izayoi y Remilia Scarlet, los jefes de los niveles 5 y 6 de Embodiment of Scarlet Devil) y el Equipo Fantasma (Youmu Konpaku y Yuyuko Saigyouji, los jefes de los niveles 5 y 6 de PCB). Al escoger uno de estos equipos, el personaje principal (Human Side) es el que sale sin usar Focus, mientras que al hacer Focus, se cambia por el segundo personaje (Yokai Side). Después de terminar el juego con los dos finales de cada equipo, es posible seleccionar a los personajes individuales.

El sistema de marcador es mucho más complicado que en PCB: En la parte inferior de la pantalla se encuentra la barra Fantasma, que va desde el 100% (color rojo) al -100% (color azul), y que su principal uso es cambiar los marcadores de Graze (Los puntos que te dan por rozar las balas de los enemigos), además de otros bonos relacionados con los puntos de tiempo.

El Tiempo es el tema central del juego: Para detener el avance de la noche, se necesitan Puntos de Tiempo. Cada nivel tiene un requerimento de Puntos de Tiempo, que al cumplirlo permite jugar contra una versión más avanzada de un Spell Card del jefe del nivel, además de detener el avance del tiempo, lo cual es necesario para obtener todos los finales del equipo seleccionado. Los puntos de tiempo se obtienen al derrotar a jefes, y al cumplir ciertas condiciones relacionadas con la barra Fantasma (Ejemplo: Disparar como Human Side cuando el Phantom está en -80% o arriba, o esquivar balas como Yokai Side cuando el Phantom está en 80% o menos).

Además de la gran cantidad de finales y de Spell Cards (Todos los jefes del juego tienen, además de sus Spell Cards normales, una "Last Spell" que sale al obtener los Puntos de Tiempo necesarios, y que es más difícil) y el modo Extra (Ya tradicional en Touhou), este juego tiene una serie de retos que se llaman Spell Practice. Esto te permite volver a jugar contra cualquier Spell Card de cualquier jefe que hayas encontrado en el juego. Al cumplir con ciertos Spells en Spell Practice y lograr ciertas condiciones en el juego regular, es posible desbloquear las "Last Word Spell Cards", que se accesan desde el menu de Practice y son mucho, pero MUCHO más difíciles que incluso los "Last Spell" del juego en la dificultad más alta.

Este juego es de los más populares de la serie, al grado de que el creador permitió que se sacaran varios comics en revistas profesionales sobre el juego. Estas historias no son 100% oficiales, pero es porque el mismo ZUN así lo quiere: Que sean versiones alternas, algunas simplemente de comedia, y que la gente los pueda leer sin tener que haber jugado todos los juegos anteriores.

En el mismo 2004, se anunció que el grupo de juegos Doujin Twilight Frontier estaban trabajando con ZUN en un juego adicional de Touhou. La especialidad de Twilight Frontier son los juegos de pelea, así que ocurrió una cosa que en otras circunstancias habría sido imposible: Touhou Suimusou - Immaterial and Missing Power, el juego que cronológicamente se le denomina "Touhou 7.5", ya que se lleva a cabo antes de Immaterial and Missing Power, a pesar de haber salido después. En este juego, hay otra gran fiesta en Gensokyo, y un par de días antes, una misteriosa niebla cubre Gensokyo. A diferencia de la niebla anterior, esta no está cubriendo el sol: Está haciendo que la gente se reúna a bailar, beber y cantar sin parar. La cosa está llegando al punto en que toda esa gente podría llegar a salir lastimada o hasta muerta por agotamiento, así que mucha gente, por muchas razones, deciden encontrar la causa de este problema.

Este es totalmente un juego de peleas, sólo que con ciertas mecánicas de Shooter: Estando cerca, la mayoria de los ataques son golpes normales; sin embargo, de lejos esos ataques en lugar de ser golpes son proyectiles. Todos los proyectiles gastan la barra de Espiritu, la cual también baja cuando bloqueas incorrectamente ciertos movimientos. La barra se recupera sola, pero es conveniente no gastarla tanto, ya que si se gasta por completo no se podran hacer proyectiles o poderes especiales hasta que se recupere al 100%.

Los poderes especiales ("Quintos", en terminología Mexicana) se llaman "Spell Cards", y requieren primero hacer un movimiento llamado "Declaracion", que solo se puede hacer una vez por round, y permite usar todas las Spell Cards que se hayan acumulado. Las Spell Cards son ataques muy podersosos y vistosos.

Touhou Kaeidzuka - Phantasmagoria of Flower View (2005) es el noveno juego de la serie. Ha llegado la primavera otra vez, pero esta vez hay demasiadas flores y hadas. Muchas personas y yokai, consternados, deciden investigar qué está pasando, y terminan enfrentándose unos a otros.

El sistema de juego es similar a Phantasmagoria of Dim. Dream, el tercer juego de la serie: Es un juego de Shooter, pero en Vs., donde cada jugador tiene media pantalla para dispararle a los enemigos que aparezca y, dependiendo de lo que destruya y los ataques que use, es posible mandarle castigos al oponente. Con 16 personajes a escoger, es un juego muy variado, a pesar de lo sencillo que es.

Touhou Bunkachou - Shoot The Bullet es el juego "9.5", y el último en usar el sistema base creado para Embodiment of Scarlet Devil. No forma parte de la serie regular porque es un juego un tanto experimental: El personaje principal de este juego es Aya Shameimaru, uno de los personajes seleccionadbles de Phantasmagoria of Flower View. Ella es un Tengu, y la reportera estrella del periódico Bunbunmaru, gracias a sus intrigantes fotografías. Para este juego, ella decide salir a tomar fotos de diversos habitantes de Gensokyo mientras ellos tratan de desacerse de ella con sus ataques.

Aya no dispara contra sus oponentes, principalmente porque quiere capturarlos sin sus propias balas en las fotos, asi que en lugar de balas, Aya simplemente vuela esquivando balas. Sin embargo, es posible ver el lente de la cámara de Aya, la cual al cargarse al 100% permite tomar una foto. Cada foto destruye todas las balas que hayan quedado dentro del área de fotografía de la cámara, además de recuperar un poco de carga. El objetivo es tomar cierta cantidad de fotos del jefe antes de que se acabe el tiempo.

El juego es difícil: Requiere mucha planeación para poder acercarte al jefe y tomarle las fotos que necesitas. El marcador depende de qué tan buena sea la foto. Es como Pokémon Snap, pero con menos trenecito y seguridad total, y más esquivar cantidades pendejas de balas.

Después de esto, ZUN no daría señales de vida por cerca de un año, lo que empujaría el lanzamiento del décimo juego de Touhou hasta el 2007. Sin embargo, este juego rompería con todas las expectativas. Pero esta historia será para la siguiente ocasión, donde también veremos qué pasa cuando los juegos de pelea siguen saliendo...